Ursachen und Auslöser der Erkrankung müssen deutlich voneinander unterschieden werden. Die Ursachen für eine Neurodermitis Erkrankung sind sehr komplex und noch immer nicht vollständig erforscht. Unter anderem spielen genetische Faktoren, das heißt erblich bedingte Voraussetzungen, bei der Entstehung der Neurodermitis eine wichtige Rolle. 

Die Rate des Auftretens einer Neurodermitis bei Geburt liegt zur Zeit in Deutschland bei 12-15 %, wobei die genetische Veranlagung als Hauptursache gesehen wird. So steigt das Risiko eine Neurodermitis zu entwickeln an, wenn in der Familie bereits jemand an Neurodermitis, Asthma oder Heuschnupfen erkrankt ist.

Als Auslöser für die Erkrankung selbst sowie die immer wiederkehrenden Schübe kommen ebenfalls eine Vielzahl Faktoren in Frage, unter anderem können Pollen, Hausstaubmilben, Nahrungsmittel und Textilien mögliche Auslöser sein. Bei Säuglingen und Kleinkindern können auch Infekte einen Neurodermitis-Schub auslösen bzw. diesen verschlechtern. 

Auch Stress beim Kind und/oder den Bezugspersonen sollten als Auslöser erkannt und reduziert werden.

Das Hauptproblem der Neurodermitis, vermuten die Wissenschaftler heutzutage, liegt in einer gestörten Hautbarriere. Man kann sich die gestörte Hautbarriere wie eine Backsteinmauer vorstellen bei der der Mörtel löchrig ist bzw. fehlt. In der Natur sind dies bestimmte Fette und Eiweißbestandteile, die ungenügend vorhanden sind. Die Hautbarriere schützt den Körper normalerweise vor dem Endringen von Bakterien, Viren und Allergenen sowie dem Verlust von Feuchtigkeit. Bei Neurodermitikern können über die „löchrige“ Hautbarriere unter Umständen bestimmte Allergene (z. B. Nahrungsmittel, Pollen, Hausstaubmilben) in den Körper eindringen und z. B. Juckreiz auslösen. Außerdem geht über die „Lücken“ in der Hautbarriere vermehrt Feuchtigkeit verloren, was dazu führt, dass die Haut zunehmend trockener wird.